血液検査では炎症の程度（白血球数、血沈、CRP）、貧血（Hb）、栄養状態（TP、Alb）、薬剤の副作用の有無などのチェックを行い、体の状態の把握のため定期的に実施します。

内視鏡検査は、診断確定のために必須の検査です。口腔～肛門まで病変ができる可能性のある病気なので上部内視鏡検査、小腸内視鏡検査、大腸内視鏡検査などが行われます。最近では狭窄のない症例については、小腸カプセル内視鏡の選択肢もあります。下剤で前処置した後に小型カメラ搭載のカプセルを飲み込み口から肛門まで連続撮影を行います。
これらの内視鏡検査では、直接内部を観察するため、クローン病に特徴的な所見の有無や炎症の部位や程度、狭窄（狭くなること）や肛門病変の有無など、詳細な情報を得ることができます。粘膜を生検し、病理学的検査に提出することでクローン病に特徴的な所見が得られることもあります。

これらの検査は直接器具を体内に挿入する必要がないため患者さんの負担が少ないです。消化管以外の臓器や組織の状態を確認でき、クローン病特有の消化管外の膿瘍や瘻孔などの評価に用いられます。MRIは肛門部病変・瘻孔に対して優れた検査です。

軽症から中等症の患者さんに用いられる基本の薬で、大腸の炎症を直接抑える効果があります。寛解の導入だけではなく寛解の維持にも使用されます。

中等症から重症の患者さんに用いられ、5－ASA製剤の効果が不十分だった場合や炎症が強い時に使用します。再燃防止効果はありません。

主に中等症以上の患者さんに用いられ、寛解導入目的や、ステロイド依存の患者さんのステロイド減量・中止と寛解維持を目的に使用されます。

化学合成された薬ではなく生体が作るたんぱく質を薬剤として利用している薬です。従来の治療で炎症が抑えられない場合に用いられる強力な薬です。寛解の導入や寛解の維持に用いられます。